Mimo, iż władca wiele swojego czasu spędził na polach bitewnych, co sugerować mogłoby dobry stan zdrowia, była w rzeczywistości mrzonką. Za swojego życia monarcha cierpiał na otyłość i podagrę. Za pośrednictwem Marysieńki zaraził się także chorobą weneryczną.
    Śmierć króla Jana III Sobieskiego zastała w Wilanowie 17 czerwca 1696. Przyczyną był atak serca, po długotrwałej chorobie. Jego żona Maria Kazimiera zmarła w 1716 r. w Blois, we Francji. Oboje są pochowani na Wawelu w Krakowie. Serce króla spoczywa w kaplicy królewskiej
 w kościele kapucynów w Warszawie. Tron po Janie III Sobieskim przypadłAugustowi II Mocnemu, z saskiej dynastiiWettinów.